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安徽中医药大学创建于1959年,其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年,安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年,安徽中医学院并入安徽医学院。1975年,国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年,安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年,省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年,教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学